5 июля 1993 г. НПИ получил статус Новочеркасского государственного технического университета (НГТУ). 1990-е годы явились тяжелым испытанием для российского высшего профессионального образования, в том числе для нашего вуза. Резкое сокращение бюджетного финансирования привело к «замораживанию» проектов расширения и укрепления материальной базы вузов, сокращениям профессорско-преподавательского состава, несвоевременным выплатам заработной платы. В первой половине 1990-х гг. высшая школа находилась на грани выживания. В определенной степени выходом из ситуации стала коммерциализация высшего образования. В этот период НГТУ как крупный вуз стал стремительно создавать филиалы во многих городах Северного Кавказа. В середине 1995 г. оба филиала НГТУ – в Шахтах и Волгодонске - также изменили свой статус, став Шахтинским и Волгодонским институтами при НГТУ. В структуре университета были созданы пять филиалов: в Ростове, Каменске, Анапе, Георгиевске, Майкопе.

Повышение статуса политехнического института до технического университета сопровождалось увеличением и усилением гуманитарной составляющей в обучении. Совершенствовалась структура подготовки специалистов: значительно расширилась гуманитарная направленность учебного процесса, увеличилась доля подготовки специалистов в области права, экономики, управления, социальной сферы. Наиболее ярким воплощением этой тенденции стало создание в НГТУ факультета гуманитарного и социально-экономического образования во главе с профессором В.Н. Чапеком (ныне – факультет инноватики и организации производства).

В 1990-е- начале 2000-х гг. резко возросло число негосударственных высших учебных заведений. Только в Новочеркасске на рубеже веков функционировали более 10 коммерческих филиалов. В результате такой «конкуренции» наметился спад популярности технического образования. Кардинально увеличилась численность студентов, обучающихся на коммерческой основе, особенно обучающихся по экономическим и юридическим специальностям. Как следствие роста и усложнения структуры вузов, существенно увеличилась нагрузка преподавателей. Обучение в две (а иногда – и три) смены стало нормой. Из-за растущего контингента студентов возникла нехватка учебных площадей. Резкое возрастание количества студентов, отсутствие обязательного распределения, как в советское время, актуализировало проблему трудоустройства выпускников вузов страны.

Несмотря на изменившиеся условия коллектив вуза сумел сохранить неизменно высокое качество подготовки инженерных кадров в НПИ. Во многом этому способствовал высокий научный потенциал университета. В научный блок ЮРГТУ(НПИ) входили 10 научно-исследовательских институтов, 5 научно-исследовательских проблемных лабораторий, 3 научные лаборатории Южного научного центра Российской академии наук, Донской технопарк, 10 студенческих конструкторских бюро, 10 учебно-научно-производственных комплексов. Ежегодно университет выполнял объем НИР на сумму 300 миллионов рублей. Ежегодно сотрудниками университета защищалось 15-18 докторских и 50-60 кандидатских диссертаций. В 2003 г. ЮРГТУ(НПИ) был аккредитован Минпромнауки России как научная организация. В 2004 г. В структуре университета были созданы две лаборатории Южного научного центра РАН.

В 1990-е гг. одной из актуальных задач было сохранение материальной базы вузов. Ситуация здесь сложилась крайне негативная. В этот «лихой период» НГТУ лишился двух студенческих общежитий на 800 мест, двух аспирантских жилых домов, учебно-экспериментальных мастерских. Особенно тяжелой для вуза оказалась потеря трех ОКТБ («Старт», «Орбита», «Орион»), с 3 тысячами рабочих, опытными производствами, построенными по принципу «от идеи до внедрения». Они являлись гордостью НПИ в 1970-1980-е годы. Государство практически не имело возможности самостоятельно развивать материально-техническую базу государственных научных и образовательных учреждений и одновременно облагало собственные инвестиции вузов кабальным налогом. О том, насколько это было непросто сделать, свидетельствует тот факт, что инвестиции, направляемые вузом на развитие материально-технической базы, облагались 20% налогом.

В первое десятилетие XXI в. ситуация с финансированием высшей школы в стране в целом несколько улучшилась, замедлился начавшийся ранее отток преподавателей из вузов в коммерческие организации и на государственную службу. В рамках реализации основных направлений Болонского процесса осуществлялся постепенный переход на многоуровневую систему высшего образования, началась подготовка первых бакалавров и магистров. В 2008 г. была введена в эксплуатацию первая очередь учебно-библиотечного корпуса (УБК), в которой обустроился созданный Центр наукоемких образовательных технологий с высокоскоростным выходом в интернет. При непосредственном участии Новочеркасского городского центра новых информационных технологий (НовоЦНИТ) был разработан проект корпоративной вычислительной сети университета.

В феврале 1999 г. НГТУ был переименован в Южно-Российский государственный технический университет (Новочеркасский политехнический институт). В это же время по решению конференции профессорско-преподавательского состава и сотрудников университета в ЮРГТУ (НПИ) принято президентское правление. Президентом избран бывший ректор университета, президент Международной Академии высшей школы (МАН ВШ), профессор В.Е. Шукшунов. Также был создан коллективный орган президентского правления - Попечительский совет. В состав Попечительского совета вошли известные ученые и руководители крупных предприятий страны, Ростовской области и города Новочеркасска.

В 2002-2004 гг. ЮРГТУ(НПИ) был головной организацией научно-технической программы Минобразования России «Инновационная деятельность в высшей школе РФ» и во многом определяли развитие инновационной деятельности в университетах страны, создание технопарков, инкубаторов бизнеса. Важные шаги были сделаны в развитии научного творчества студенческой молодежи. В 2003-2007 гг. университет раз в два года проводил Всероссийские выставки-ярмарки научно-исследовательской деятельности студентов, аспирантов и молодых ученых «ИННОВ».

Примером успешной инновационной деятельности в университете являются научное обоснование, конструкторская разработка, изготовление и коммерциализация индукторных электроприводов с электронным управлением. Полный инновационный цикл по этому направлению реализован на базе кафедры «Электромеханика», НИИ электромеханики, ООО НПП «Эметрон», а также российско-голландского предприятия «Протоник-Дон». Внедрены в опытно-промышленное производство электростатические затворы предельно тонких пылевых фракций, комплекс приборов для неразрушающего контроля стальных канатов подъёмно-транспортных машин, индукторный электропривод для городского транспорта на магнитной подвеске и мехатронный привод для систем питания и газораспределения двигателей внутреннего сгорания (совместная разработка с «Штайнбайс Трансфертцентр Мехатроника» в г. Ильменау, Германия); устройства диагностирования высоковольтного оборудования и устройства противоаварийного управления электрическими системами; системы защиты электроэнергетического оборудования; высокоэффективные литиевые источники тока; изделия специального назначения сложной конфигурации из композитных материалов и другие устройства и приборы.

Одной из тенденций развития высшего образования в 1990- 2000-е гг. явилось расширение международных связей, выражавшихся в установлении постоянных контактов с зарубежными вузами-партнерами. В 1990-е годы в НГТУ появились иностранные студенты из стран Дальнего Зарубежья (первыми были ребята из Китая, обучавшиеся на горно-геологическом факультете). Университет стал большое внимание уделять развитию международного сотрудничества, формированию единого мирового образовательного пространства, проявляющегося в гармонизации образовательных стандартов, подходов, учебных планов, специальностей в разных странах мира. Был создан Международный учебный центр, осуществлявший образовательные программы Британского Открытого университета, университета «Лэйкхад» (Канада) и международного института менеджмента «Линк». В рамках договоров о сотрудничестве между вузами-партнерами ежегодно проходят обучение студенты и аспиранты ЮРГТУ(НПИ) по программам «Михаил Ломоносов», «Леонард Эйлер», «Альберт-Людвиг-Франс», «Эразмус Мундус», по стипендиям Земли Северный Рейн-Вестфалия.

В начале XXI века в ЮРГТУ(НПИ) обучалось свыше 32 тысяч человек. В структуру университета входили 4 института (филиала) в Шахтах, Волгодонске, Каменске-Шахтинском и Георгиевске, 5 филиалов в других городах, 21 факультет, 103 кафедры, 3 колледжа, 3 физико-математических школы, межотраслевой региональный центр повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов, 12 научно-исследовательских институтов; 7 научно-производственных предприятий; издательские организации и другие подразделения, обеспечивающие деятельность ВУЗа. НПИ готовил специалистов с высшим образованием по 101 специальности, со средним специальным образованием - по 17 специальностям, по 62 научным специальностям - в аспирантуре и 19 специальностям - в докторантуре.

На рубеже веков ЮРГТУ(НПИ) стал крупным региональным центром непрерывного образования, которое включает довузовское обучение, вузовскую подготовку молодых специалистов, послевузовскую переподготовку и повышение квалификации инженерных кадров, а также аспирантуру и докторантуру.